企業自動監測設備未能嚴格按照國家相關標準與規范進行安裝、運維以及質量控制，導致自動監測數據無法真實反映企業排污情況，亦或設備故障率高，運行效果差，上傳數據準確性、有效性無法滿足國家相關要求。

部分環保在線監測運維企業自動監測設備陳舊，甚至早期并未執行環保驗收，存在自身設備和排污管道不規范的情況[3]，自動監測設備安裝點位不符合要求，設施運行環境條件及安裝空間有限。這些情況導致自動監測數據無法真實反映污染物排放情況；設備運行環境差，操作空間狹小，直接影響日常維護與標定工作質量，進而導致上傳監測數據的代表性、準確性、有效性差，難以滿足數據傳輸有效率75%的要求，無法為國家或地方環境保護管理提供有效的數據支持。

境保護無小事。上收環境質量監測權，實行第三方運營維護，是為了避免監測數據的“地方保護主義”，使得數據更集中，責任更明晰，保障數據真實有效地反映所在區域的環境質量狀況。但是，上收事權后，怎么做到數據的及時、全面、準確，又是環境監測體制改革路上急需解決的問題。

正是實行第三方運維，國控站的所在地為避嫌而管不了，國家主管部門因點多面廣而管不全，敢在作死邊緣試探的單位大有人在，僅2015年，環保部門一年內就“揪出”2658起監測數據造假案例，生態環境部通報15起污染源自動監控設施及數據弄虛作假典型案例。

污染源自動監測系統的建設及運維管理均需足夠的資金支持，現目前除《排污費征收使用管理條例》中規定，由國家在每年的排污費中，提取一定比例設立污染源自動監測系統建設資金外，其他資金來源則由地方財政撥付或者企業自籌。由于資金保障不到位，系統建設及運維管理無法得到有效保障，系統的監督監控作用無法得到有效體現。